当进水浊度高时，污染物会迅速的在膜表面堆积，引起产水量降低、压差增加等问题，情况严重时，过高的压力还会损坏管道，甚至产生安全隐患，所以必须在膜系统之前必须使用石英砂过滤器降低进水的浊度。为了去除进水中较小的颗粒和达到较好的过滤效果，可选择在石英砂过滤器进水中投加絮凝剂，原水与絮凝剂混合后，水中的细小杂质颗粒会在絮凝剂的作用下凝结成矾花，从而被石英砂过滤器的过滤层截留去除。

一般天然水体或自来水中都或多或少的存在活性余氯，氯是强氧化剂，会造成阳离子交换树脂的氧化分解和反渗透膜的降解，当水中活性余氯含量超过1mg/L时，会导致反渗透膜的性能恶化。在预处理中，一定要防止余氯进入后续的处理阶段，以免造成损失。理论上，活性炭能100%的吸附水中的余氯，所以在石英砂过滤器后应该设置活性炭过滤器吸附水中的活性余氯。

在膜的使用过程中，膜表面结垢的现象一直存在，特别是进水硬度高时，结垢更为明显。压力式一体化净水器故进膜系统之前，需要对水进行软化处理，降低水的硬度。水的软化常用的是药剂软化和离子交换两种，药剂软化对加药量控制较难，反应后的水垢也不容易清理，故选择在活性炭过滤器后设置钠离子交换器。除了软化处理，还可以选择在反渗透进水中添加阻垢剂以提高进水的极限碳酸盐硬度，使碳酸盐晶体畸变，从而达到阻垢的目的。

活性炭和树脂在使用中，难免会破碎，为避免这些破碎杂质进入膜系统造成不好的影响，应在膜系统之前设置精密过滤器。保安过滤器需定期检查，避免微生物大量繁殖，对膜系统造成微生物污染。

有的地下水含有二价的铁离子（Fe2+），这种铁离子被阳离子交换树脂吸附后，再生时不会完全被交换出来，对树脂造成污染。进水中二价铁离子被氧化后，会形成氢氧化铁[ Fe（OH）3 ] 胶体，这种胶体会聚集在树脂表面，堵塞树脂微孔，进入膜系统后，同样会造成膜的污染。在原水铁离子含量过高的时，为了防止铁离子对树脂和膜的污染，在水处理设备的预处理阶段应增加锰砂过滤器以去除铁离子。原水经曝气后进入锰砂过滤器，锰砂中的二氧化锰为催化剂，会迅速使进水中Fe2+变为Fe3+并生成 Fe(OH)3沉淀，从而达到除铁的目的。